Nemmeno a Motegi, tracciato in cui aveva dominato nel 2025, il piemontese è riuscito a concludere il venerdì fra i primi dieci.
Dopo aver concluso a punti sia la Sprint sia la gara domenicale in Austria, Pecco Bagnaia è ripiombato nelle posizioni di rincalzo al termine della giornata di prequalifiche a Motegi. Per accedere alla sessione decisiva delle qualifiche del Gran premio del Giappone, infatti, il piemontese dovrà superare lo scoglio della Q1, non essendo riuscito a concludere fra i primi dieci le prove del venerdì. Un risultato deludente per Bagnaia anche alla luce del weekend perfetto della scorsa stagione in Giappone, con le vittorie di Sprint e Gran premio.
A guidare la classifica al termine delle prove del venerdì è una Ducati, ma non quella più attesa: il miglior tempo infatti è di Alex Marquez, alfiere del team Gresini Racing, che ha ottenuto un miglior tempo pari a 1:42.811, anticipando di 76 millesimi la KTM di Pedro Acosta e di un decimo esatto la Ducati del team ufficiale guidata dal fratello maggiore di Alex, Marc Marquez.
Passano direttamente in Q2 anche Marco Bezzecchi (Aprilia, +0.218), Enea Bastianini (KTM Tech3, +0.349), Fabio Di Giannantonio (Ducati VR46, +0.386), Fabio Quartararo (Yamaha, +0.419), Jorge Martin (Aprilia, +0.464), Diogo Moreira (Honda LCR, +0.495) e Johann Zarco (Honda LCR, +0.574).
Dovranno invece affrontare la Q1, che assegna due posti per la sessione decisiva, Fermin Aldeguer (Ducati Gresini, +0.578), Brad Binder (KTM, +0.618), Raul Fernandez (Aprilia Trackhouse, +0.674), Franco Morbidelli (+0.716), Ai Ogura (Aprilia Trackhouse, +0.768), Pecco Bagnaia (Ducati, +0.775), Luca Marini (Honda, +0.877), Jack Miller (Yamaha Pramac, +0.917), Somkiat Chantra (Honda, +1.085), Alex Rins (Yamaha, +1.493), Toprak Razgatlioglu (Yamaha Pramac, +1.600) e Maverick Viñales (KTM Tech3, +2.025).